合伙企业在出资时可以选择使用专利权来代替货币资金。股东可以选择以货币资金、实物、知识产权、土地使用权等非货币财产作价进行出资,前提是这些财产可以被合理估价并合法转让。但要注意,法律和行政法规可能规定一些财产不可以作为出资的方式。